Misaki Takahashi é um estudante do colegial normal que se está preparando para os seus exames de entrada na universidade. De forma a reduzir o seu stresse do estudo, ou assim ele esperava, ele aceita a ajuda do melhor amigo do seu irmão, um autor famoso, Usami Akihiko. Contudo, Misaki está perto de descobrir que alguns dos livros de Usami são livros extremamente pervertidos, e que talvez esteja também acordando algo pervertido em Misaki. Além destes dois, Junjou Romantica também segue a história de outros dois casais vagamente conectados à "Romantica" de Misaki e Usami. "Egoist" mostra a muito apaixonante, mas complicada, relação entre um professor universitário, Kamijou Hiroki, cuja vida atingiu um ponto baixo por um bom tempo, e um pediatra Kusama Nowaki, que se apaixona por Hiroki à primeira vista e faria tudo para o fazer feliz. A terceira história, "Terrorist", mostra quão obsessivo o amor se pode tornar quando um garoto rico de dezoito anos, Takatsuki Shinobu, descobre algo que ele não pode ter tão facilmente, o professor de literatura Miyagi You. A paixão abunda enquanto estes três casais tentam conseguir atingir seus objetivos de vida enquanto caem também em tentação e angustia com seus parceiros.