Um grande terremoto varreu o Japão e destruiu a maior parte de Tóquio, engolida quase totalmente pelo mar. Dez anos depois, a história inicia com Igarashi Ganta, um estudante comum e despretensioso da Escola de Ensino Médio de Nagano. Um sobrevivente do grande terremoto, Ganta não tem lembranças da tragédia e vive uma vida normal. Tudo isso muda quando um homem estranho de vermelho e coberto de sangue aparece flutuando do lado de fora de sua sala de aula. Com um sorriso maldoso, o Homem Vermelho massacra toda a turma de Ganta e, em vez de matá-lo, incrusta em seu peito o fragmento de um cristal vermelho. Após o massacre, Ganta é declarado o único suspeito, passando por um julgamento duvido e, sendo sentenciado à pena de morte, é enviado para Deadman Wonderland, uma gigantesca prisão privada que parece um parque temático, onde os detentos são a atração principal, lutando pelas próprias vidas como gladiadores dos tempos modernos.