A história começa 5 anos após o 28º Torneio de Artes Marciais. Dragon Ball GT começa quando Pilaf e seus capangas conseguem encontrar misteriosas "esferas do dragão negras" escondidas em uma sala do templo de Kami-Sama e Son Goku se torna uma criança novamente, depois de um desenho desejo feito por Pilaf ao ao Shen Long Vermelho. Pouco tempo depois, as esferas do dragão se espalham por todo o universo e devem ser coletadas em menos de um ano ou o planeta onde o desejo foi solicitado, neste caso Terra, vai explodir. Son Goku, Son Goten e Trunks decidem embarcar na busca de "esferas de dragão de estrelas negras" para encontrá-las o mais rápido possível. No entanto, no último momento antes de sair, Pan, neta de Son Goku e filha de Son Gohan e Videl, entra na nave e substituí seu tio Goten e embarca na viagem com seu avô e Trunks.