A história de Clannad gira em torno de Tomoya Okazaki, um estudante do terceiro ano do ensino médio que não gosta sua vida. A mãe de Tomoya, Atsuko, morreu quando Tomoya era pequeno, deixando para seu pai, Naoyuki, a tarefa de cuidar dele. Após o acidente, o pai de Tomoya se tornou viciado em álcool e jogo, e criou brigas com seu filho. Um dia, Naoyuki, novamente discutindo com seu filho, empurrou Tomoya contra a parede, deslocando o ombro de seu filho gravemente. Desde então, Tomoya e seu pai passaram a se tratar bem, mas de uma forma distante, como se eles fossem estranhos ao invés de uma família.