Um ano se passou desde o fracasso da Rebelião Negra e da suposta morte de Zero. Britannia determinou para a "Área 11" uma "educação corretiva", onde os "Elevens" são punidos exemplarmente através da força bruta, na tentativa de impedir futuras insurreições e reprimir pensamentos rebeldes. O inocente colegial Lelouch, esquecido de seu passado rebelde como Zero, se depara com um plano contra sua vida e a vida de uma misteriosa mulher chamada C.C, que revela a ele seu objetivo esquecido e sua verdadeira face. Destruindo seus atacantes e declarando-se Zero mais uma vez, Lelouch parte para terminar o que começou.