Numa certa época, fadas eram ferramentas da guerra. A história ocorre num mundo onde fadas possuem e residem em animais, dando-os habilidades misteriosas. Ao remover os órgãos de um animal possuído e transplantando-os em humanos, fadas podem ser invocadas como um alter ego e usadas como uma arma. Tais indivíduos que usam fadas como ferramentas de guerra eram chamados de Soldados Fada. Assim que a guerra acabou e eles cumpriram seus papeis, os soldados perderam seu propósito. Alguns começaram a trabalhar para o governo, outros se juntaram à máfia, e alguns até se tornaram terroristas, cada um escolhendo sua maneira de viver. Nove anos se passaram desde a guerra. A protagonista Mariya é uma nova recruta de Dorothea, uma organização que investiga e suprime crimes relacionados a fadas. Em meio à situação política instável, criminosos com feridas que duram desde a época da guerra e conflitos passados surgem e cometem terrorismo como um ato de vingança. Essa é a história de Soldados Fada, lutando pela sua própria justiça num mundo pós-guerra caótico.