Kiyotaka Ayanokouji acaba de se matricular no Colégio Tokyo Koudo Ikusei, onde dizem que 100% dos seus alunos entram na faculdade ou arranjam um bom emprego. Infelizmente, ele vai parar na sala 1-D, onde ficam todos os alunos problemáticos da escola. Pior ainda: todo mês, a escola premia os alunos com pontos que valem cem mil ienes, e emprega uma política bem liberal onde é permitido dormir, conversar e até sabotar os colegas. Contudo, há alguém que discorda de todos esses alunos e suas vidas desregradas, e decidiu se isolar e evitar contato com outros: a bela Suzune Horikita. (Classroom of the Elite)