A história se passa no Colégio Privado Seikyou. Uma construção que consiste de múltiplos prédios que se ligam para acomodar ambos, estudantes do fundamental e colegial. Seis anos de constantes renovações e expansões significaram que a maioria das antigas estruturas interiores foram seladas e abandonadas. Salas de aulas se tornaram armazéns, escadarias não sendo mais usadas, corredores como becos escutos. Com a existência de uma construção que parece um labirinto, é natural que rumores sobre o paranormal aparecessem. Um dia, o estudante do primeiro ano do ensino médio, Niiya Teiichi, se perde neste labirinto e por acaso, chega em um antigo armazém. É lá que ele encontra Kanoe Yuuko, uma garota misteriosa com cabelos longos, lisos e escuros, com uma aparência alta e delicada, que se apresenta como fantasma do velho prédio da escola. Por alguma razão inexplicável, Niiya é o único capaz de ver esse espírito e ela mesma não tem lembranças do motivo ou data de sua morte, nem nenhum sentimento sobre a própria vida. Curiosos sobre as circunstâncias da morte dela, os dois criam um clube de investigação paranormal e buscam descobrir a verdade sobre isso e muitos outros mistérios sobre o colégio.