Isekai Mokushiroku Mynoghra conta a história de um mundo de fantasia do jogo de simulação de gestão de nações, “Eternal Nations”, o lendário jogador Ira Takuto, que alcançou o topo do ranking de usuários, perde a consciência durante uma internação hospitalar. Assim, quando acorda, ele se vê em um mundo que parece saído diretamente do jogo: o continente de Idragia. Lá, ele encontra Atou, a Lodo Imundo, a unidade que mais usava e amava no jogo. Juntos, eles decidem: “Vamos construir nosso próprio reino. Um reino só para mim e para você.” Assim, Takuto e Atou fundam Mynoghra, uma nação considerada maligna. Com elfos sombrios e heróis únicos como cidadãos, e aproveitando o sistema do jogo — que neste mundo funciona como uma espécie de “chute” —, Takuto se dedica ao que mais ama: a administração interna de seu reino.