Fuu Kasumi é uma garçonete jovem e desajeitada que passa seus dias trabalhando pacificamente em uma pequena casa de chá. Isto é, até que ela acidentalmente derramar uma bebida em um de seus clientes! Com um grupo de samurais que agora a perseguem incessantemente, Fuu chama desesperadamente outro samurai na loja, Mugen, que rapidamente os derrota com sua técnica de luta selvagem, utilizando movimentos reminiscentes aos de breakdancing. Infelizmente, Mugen decide lutar com o ronin Jin, que tem um estilo mais preciso e tradicional de luta de espadas, e o último prova ser um oponente formidável. O único problema é que eles acabam destruindo a loja inteira e matando acidentalmente o filho do magistrado local. Por seu crime, os dois samurais são capturados e definidos para serem executados. No entanto, eles são resgatados por Fuu, que contrata a dupla como guarda-costas. Embora ela não tenha mais um lugar para onde voltar, a ex-garçonete deseja encontrar um certo samurai que cheire a girassóis e pede a ajuda do par agora exonerado para fazê-lo. Apesar de inicialmente desaprovar essa ideia, os dois acabaram concordando em ajudar a garota em sua busca; Assim, o trio embarca em uma aventura para encontrar este guerreiro misterioso - isto é, se Fuu puder impedir que Mugen e Jin matem um ao outro. Situado em um Período Edo alternativo do Japão, Samurai Champloo segue a jornada desses três indivíduos excêntricos em uma jornada épica repleta de ação, comédia e luta dinâmica com espadas, tudo preparado para a batida de uma única trilha sonora inspirada em hip-hop.